Durante o tratamento do hipertireoidismo com anti-tireoidianos (propiltiouracil, benziltiouracil e carbimazol) o aleitamento é contra-indicado pelo risco de provocar hipotireoidismo no lactente, o que pode comprometer o seu desenvolvimento neurológico. O uso de hormônios tireoideanos para tratamento do hipotireoidismo materno não contra indica a amamentação. O tratamento do diabetes mellitus da lactante deve ser sempre realizado com o uso de insulina e nunca com antidiabéticos orais (glibenclamida, tolbutamida, clorpropamida e metformina) que têm passagem para o leite e podem provocar hipoglicemia na criança. Os contraceptivos orais a doses baixas isolados ou associados não desencadeiam efeitos colaterais, a o contrário dos anticoncepcionais a fortes doses que são contra-indicados. O uso desses medicamentos durante a amamentação deve sempre ser orientado por um especialista, sendo que na maioria dos casos não se recomenda o anticoncepcional utilizado habitualmente antes da gravidez. Medicamentos com atividade antiandrogênica como a ciproterona são absolutamente contra-indicados.